La santé intestinale et le microbiote

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

Rédigé par Experts COPMED
25/11/2025

Le microbiote intestinal, aussi appelé flore intestinale, est un écosystème complexe de micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif. Son rôle est déterminant pour la santé, influençant non seulement la digestion mais aussi le système immunitaire, le métabolisme et l’humeur.

SOMMAIRE :

  1. Comprendre le microbiote intestinal
  2. La composition du microbiote intestinal
  3. Les 4 grands rôles du microbiote intestinal
  4. Les facteurs qui influencent le microbiote intestinal
  5. Comment améliorer et équilibrer le microbiote ?

COMPRENDRE LE MICROBIOTE INTESTINAL

Le microbiote intestinal est constitué de 10 000 milliards de micro-organismes, principalement des bactéries, des virus, des parasites et des champignons, qui cohabitent dans notre intestin. Ces bactéries adhèrent aux parois du tube digestif grâce à un biofilm, une couche protectrice qui les empêche d'être emportées par le transit intestinal.

Chaque adulte héberge en moyenne 160 espèces de bactéries dans son intestin et possède une composition unique de microbiote, comparable à une empreinte digitale..

Ce vaste écosystème commence à se former dès la naissance et continue de se développer et de se diversifier tout au long de la vie. En tout premier lieu, le microbiote est colonisé par le mode d’accouchement notamment grâce au contact avec la flore vaginale de la mère. Puis, le microbiote se complexifie pour atteindre sa maturité vers l’âge de 2 à 3 ans. Sa composition est ensuite influencée par les aliments que nous consommons, nos habitudes de vie, notre environnement et notre état de santé général.

L’équilibre du microbiote est indispensable pour rester en bonne santé car il participe à la prévention de nombreux troubles, d’inconforts et contribue au maintien d’une bonne santé au quotidien.

À RETENIR

✅Le microbiote (flore intestinale) est un écosystème complexe de micro-organismes vivant dans notre tube digestif.

✅La diversité microbienne est essentielle pour une bonne santé.

✅Les bactéries du microbiote décomposent les fibres alimentaires, facilitant la digestion.

✅Le microbiote synthétise des vitamines essentielles, comme la vitamine K et certaines vitamines B, importantes pour le métabolisme énergétique et le système nerveux.

✅Un microbiote équilibré régule le métabolisme des lipides et des glucides, aidant à gérer le poids et la tolérance au glucose.

✅Le microbiote influence l'axe intestin-cerveau, produisant des neurotransmetteurs qui affectent l'humeur.

✅Maintenir un microbiote équilibré est essentiel pour prévenir la dysbiose et ses troubles.

✅Pour un microbiote en bonne santé, privilégiez une alimentation saine riche en fibres, probiotiques et prébiotiques, pratiquez une activité physique régulière, gérez le stress et assurez-vous d'un sommeil de qualité.

LA COMPOSITION DU MICROBIOTE INTESTINAL

L’écosystème complexe du microbiote est constitué de divers micro-organismes qui incluent des bactéries, des virus, des champignons et des archées. Chaque groupe de micro-organismes joue un rôle spécifique dans le maintien de la santé du microbiote.

Un microbiote diversifié est mieux à même de résister aux perturbations et de réaliser ses fonctions vitales.

  • Les bactéries sont les composants les plus abondants du microbiote. Elles contribuent à la digestion, à la synthèse de vitamines, à la protection contre les pathogènes et à la modulation du système immunitaire. Les principales bactéries sont :
    • Les Lactobacillus : impliquées dans la fermentation des glucides et la production d'acide lactique, ce qui aide à maintenir un pH intestinal bas, inhibant ainsi la croissance des pathogènes.
    • Les Bifidobacterium : aident à la digestion des fibres et à la production de vitamines B et d'acide folique. Ces bactéries participent à la modulation du système immunitaire.
  • Les virus, principalement les bactériophages, infectent les bactéries et peuvent influencer la composition et la dynamique des communautés bactériennes.
  • Les champignons tels que les levures, sont moins nombreux mais contribuent à la fermentation des aliments et à la régulation de l'équilibre microbien.
  • Les archées sont des micro-organismes, semblables aux bactéries, impliqués dans la production de méthane et d'autres gaz dans l'intestin.

Un microbiote sain est ainsi caractérisé par une richesse en espèces et un bon équilibre entre les différents groupes de micro-organismes. Cette diversité permet une meilleure adaptation aux changements alimentaires, aux stress environnementaux et aux agressions extérieures.

LES 4 GRANDS RÔLES DU MICROBIOTE INTESTINAL

Le microbiote joue plusieurs rôles essentiels dans l’organisme dont la digestion et le maintien de la perméabilité intestinale, l’assimilation des vitamines et nutriments, la modulation du système immunitaire mais aussi la régulation de l'humeur et des fonctions cognitives.

1️⃣ Faciliter la digestion et l'absorption des nutriments

Le microbiote intestinal est l’acteur principal des fonctions digestives de l’organisme[1].

Il permet de décomposer des aliments complexes notamment les fibres végétales présentes dans les fruits, les légumes et les céréales. Ces fibres, qui incluent des composés comme la cellulose, la pectine et les amidons résistants sont fermentées par les bactéries du microbiote, produisant des acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate, le propionate et l'acétate.

Avec les AGCC, le microbiote aide à lutter contre l'hyperperméabilité intestinale, aussi appelé "Leaky Gut Syndrom”. Cette condition se caractérise par une barrière intestinale affaiblie, permettant aux toxines, aux agents pathogènes et aux particules alimentaires non digérées de pénétrer dans la circulation sanguine. Les AGCC produits par la fermentation des fibres renforcent les jonctions serrées entre les cellules de la paroi intestinale, contribuant à l'intégrité de la barrière intestinale.

En plus de la fermentation des fibres, le microbiote participe à la synthèse de vitamines. Les bactéries intestinales produisent des vitamines comme la vitamine K, indispensable à la coagulation sanguine et certaines vitamines du groupe B, comme la biotine (B7), la cobalamine (B12), l'acide folique (B9) et la riboflavine (B2). Ces vitamines sont nécessaires au bon fonctionnement du métabolisme énergétique, la formation des globules rouges et le fonctionnement du système nerveux​​.

Le microbiote contribue à la digestion des protéines et des graisses. Certaines bactéries intestinales produisent des enzymes protéolytiques qui décomposent les protéines alimentaires en peptides et acides aminés, facilitant leur absorption.

2️⃣ Renforcer le système immunitaire

Le microbiote intestinal soutient les défenses immunitaires de notre organisme[2] contre les agressions extérieures. En effet, les bactéries bénéfiques du microbiote intestinal, telles que les Lactobacillus et Bifidobacterium, colonisent les parois intestinales, réduisant l’espace disponible et empêchant les bactéries pathogènes, les microbes nuisibles, de s’installer et de proliférer. Cette occupation de l’espace, connue sous le nom de résistance à la colonisation, est une première ligne de défense contre les infections.

Par ailleurs, certaines bactéries du microbiote produisent des substances antimicrobiennes comme les bactériocines, les acides gras à chaîne courte (AGCC) et le peroxyde d’hydrogène. Ces composés sont toxiques pour les bactéries nuisibles et aident à maintenir un équilibre sain dans le microbiote intestinal.

Le microbiote intestinal participe à la modulation du système immunitaire. Les interactions entre les bactéries intestinales et les cellules immunitaires de la paroi intestinale stimulent la production de cytokines et d'autres médiateurs immunitaires. Ces signaux communiquent avec le système immunitaire, lui permettant de distinguer les micro-organismes bénéfiques des agents pathogènes.

3️⃣ Influencer la gestion du poids par le microbiote

Le microbiote intervient dans le métabolisme des lipides et des glucides, il influence ainsi la régulation du poids et la manière dont notre corps stocke les graisses[3]. Les bactéries intestinales décomposent et fermentent les fibres alimentaires pour produire des acides gras à chaîne courte (AGCC). Ces AGCC fournissent non seulement une source d'énergie pour les cellules intestinales, mais modulent également le métabolisme lipidique et glucidique de tout l'organisme.

Le microbiote influence également le métabolisme des glucides en modulant la libération d'hormones comme le GLP-1 (glucagon-like peptide-1) qui régule la sécrétion d'insuline et la glycémie. Les AGCC améliorent la tolérance au glucose et augmentent la sensibilité à l'insuline. Une meilleure gestion de la glycémie et une utilisation plus efficace des glucides par l'organisme contribuent à maintenir un poids sain et à prévenir les troubles métaboliques tels que le diabète de type 2.

Par la libération de peptides intestinaux comme le PYY (peptide YY) et le GLP-1, le microbiote agit sur la régulation de l'appétit et la sensation de satiété. Un microbiote équilibré peut donc aider à contrôler son régime alimentaire, ce qui est essentiel pour la gestion du poids à long terme​.

4️⃣ Soutenir la santé mentale et cognitive

Le microbiote participe à l’axe intestin-cerveau et influence notre humeur et nos fonctions cognitives. Cette connexion bidirectionnelle implique des communications constantes entre le système nerveux central et le tractus gastro-intestinal via des voies métaboliques, immunitaires et neuroendocriniennes[4].

Les bactéries intestinales produisent divers métabolites et neurotransmetteurs, tels que le butyrate, le propionate, l'acétate et le GABA (acide gamma-aminobutyrique), qui peuvent traverser la barrière hémato-encéphalique ou agir directement sur les nerfs périphériques pour influencer la fonction cérébrale et réguler l’humeur.

Le microbiote module également le système immunitaire et l'inflammation, deux facteurs clés dans la santé mentale. Un déséquilibre du microbiote peut entraîner une inflammation qui a été associée à des troubles neuropsychiatriques tels que la dépression et l'anxiété[5],[6].

LES FACTEURS QUI INFLUENCENT LE MICROBIOTE INTESTINAL

Le microbiote intestinal est un écosystème complexe et vivant, influencé par divers facteurs externes et internes. Comprendre ces facteurs peut aider à maintenir un microbiote sain et équilibré.

L’alimentation joue un rôle de premier plan. Une alimentation équilibrée, riche en fibres, en fruits, en légumes, en céréales complètes et en légumineuses nourrit les bactéries bénéfiques de l'intestin.

L'apport des probiotiques et des prébiotiques est également utile. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants présents dans des aliments fermentés comme le yaourt, le kéfir, la choucroute, le kimchi, le miso et le tempeh. Ils aident à équilibrer le microbiote intestinal. Les prébiotiques, quant à eux, sont des fibres spécifiques qui nourrissent les bactéries bénéfiques. Ils se trouvent dans des aliments comme l'inuline, présente dans les chicorées, les asperges, les oignons et l'ail, les fructo-oligosaccharides (FOS), trouvés dans les bananes, les artichauts et les poireaux, et les galacto-oligosaccharides (GOS), présents dans les produits laitiers et certains compléments alimentaires.

Il est important de limiter la consommation d’aliments riches en sucres raffinés, les aliments transformés, les graisses saturées et les additifs alimentaires car ils peuvent perturber l'équilibre du microbiote intestinal. Ces aliments favorisent la croissance de bactéries pathogènes et peuvent réduire la diversité microbienne, conduisant à des problèmes digestifs et inflammatoires. Évitez également les excès d'alcool, qui peuvent endommager la paroi intestinale et déséquilibrer le microbiote.

Par ailleurs, le mode de vie a un impact significatif sur le microbiote intestinal. La sédentarité réduit la diversité microbienne et affecte négativement la composition du microbiote intestinal. Le stress chronique, quant à lui, perturbe l'équilibre du microbiote, favorisant la croissance de bactéries pathogènes et augmentant la perméabilité intestinale. Un manque de sommeil ou un sommeil de mauvaise qualité est également problématique car il entraîne des altérations du microbiote intestinal, contribuant ainsi à des problèmes métaboliques, De plus, la prise de certains médicaments, tels que les antibiotiques, peut éliminer les bactéries bénéfiques et réduire la diversité microbienne, perturbant l'équilibre intestinal. Pour finir, une hygiène excessive limite l'exposition aux micro-organismes bénéfiques, réduisant la diversité microbienne et affectant la maturation du système immunitaire, surtout chez les enfants.

Les facteurs environnementaux impactent également l’équilibre du microbiote. La pollution et l'exposition aux toxines, comme les pesticides, les métaux lourds et les polluants industriels peuvent perturber le microbiote, tuant ou inhibant la croissance des bactéries bénéfiques.

La dysbiose : le déséquilibre du microbiote

La dysbiose désigne un déséquilibre du microbiote intestinal dans la composition, la diversité ou ses fonctions. Ce déséquilibre peut être la conséquence de divers facteurs, tels que la mauvaise alimentation, les médicaments, le stress, les infections ou des maladies chroniques.

Une dysbiose se caractérise généralement par une diminution des bactéries bénéfiques et une prolifération des bactéries pathogènes, perturbant la régulation naturelle intestinale et affectant la santé globale​​​​.

Les conséquences d'un déséquilibre du microbiote :

  • Des troubles digestifs : la dysbiose peut provoquer des ballonnements, des douleurs abdominales, des diarrhées ou des constipations et des inflammations. Elle est souvent associée à des troubles fonctionnels de l'intestin comme le syndrome de l'intestin irritable (SII).
  • Des désordres métaboliques : un microbiote déséquilibré peut contribuer à l'obésité et au diabète de type 2 en affectant la régulation de la glycémie, la sensibilité à l'insuline et le stockage des graisses. Les perturbations du microbiote sont également associées à un risque accru de syndrome métabolique, qui inclut l'hypertension, l'hyperglycémie et les anomalies lipidiques.
  • Un impact sur la santé mentale : la dysbiose est liée à des troubles neuropsychiatriques tels que la dépression et l'anxiété. Un microbiote déséquilibré peut amplifier la réponse au stress, affectant ainsi la résilience psychologique et le bien-être mental.
  • Une baisse du système immunitaire : la dysbiose peut provoquer une activation anormale du système immunitaire, entraînant des inflammations ou allergies. Un microbiote déséquilibré affaiblit la barrière intestinale, augmentant la susceptibilité aux infections.

COMMENT AMÉLIORER ET ÉQUILIBRER LE MICROBIOTE ?

Maintenir un microbiote équilibré est essentiel pour une bonne santé globale. Pour améliorer et équilibrer le microbiote, privilégiez une alimentation équilibrée et un mode de vie sain.

Adopter une alimentation riche en fibres, en probiotiques et en prébiotiques

✅Les fibres : pour nourrir les bactéries bénéfiques de l’intestin, consommez une variété de fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses et noix. Les fibres solubles, présentes dans les pommes, les haricots et l'avoine, et les fibres insolubles, trouvées dans les grains entiers et les légumes à feuilles, sont particulièrement bénéfiques.

✅Les aliments fermentés : comme le yaourt, le kéfir, la choucroute, le kimchi, le miso et le tempeh sont riches en probiotiques naturels qui peuvent aider à équilibrer le microbiote intestinal.

✅Les polyphénols : présents dans les baies, le thé vert, le chocolat noir et les vins rouges, favorisent la croissance des bactéries bénéfiques et ont des propriétés anti-inflammatoires.

Avoir recours à une cure de compléments alimentaires riches en probiotiques peut s'avérer utile pour réequilibrer la flore intestinale, surtout après une prise d’antibiotiques, pendant l’hiver ou en période de stress élevé.

Intégrer de bonnes habitudes de vie

Adopter certaines habitudes de vie peut contribuer à maintenir un microbiote intestinal sain et équilibré :

1️⃣De l’exercice physique régulier : l'activité physique est bénéfique pour le microbiote intestinal. Elle augmente la diversité microbienne et favorise la croissance des bactéries bénéfiques​​.

2️⃣Une bonne gestion du stress : le stress chronique peut perturber l'équilibre du microbiote. Pratiquer des techniques de relaxation comme la méditation, le yoga ou la respiration profonde peut aider à réduire le stress et à maintenir un microbiote sain​​.

3️⃣Un sommeil de qualité : assurer un sommeil suffisant et de qualité est nécessaire pour préserver la santé intestinale. Les perturbations du sommeil peuvent affecter la composition du microbiote, il est donc important de maintenir une routine de sommeil régulière et d'éviter les écrans avant le coucher​​.

4️⃣L’hydratation : boire suffisamment d'eau aide à maintenir le bon fonctionnement de l'intestin et à favoriser la croissance des bactéries bénéfiques​​.

5️⃣Une utilisation prudente des antibiotiques : les antibiotiques peuvent perturber le microbiote intestinal en tuant non seulement les bactéries pathogènes mais aussi les bactéries bénéfiques. Utilisez-les uniquement lorsque nécessaire et sous prescription médicale pour minimiser leur impact négatif sur le microbiote​​.

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Notre équipe de rédacteurs est composée de docteurs en médecine, biochimistes, naturopathes et d’experts en nutrition, micronutrition et diététique. 

Sources : 

1- Microbiote intestinal (flore intestinale). Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies – INSERM

2- Control of Immunity by the Microbiota. Eduard Ansaldo , Taylor K Farley 1 2, Yasmine Belkaid

3- Role of Gut Microbiota-Generated Short-Chain Fatty Acids in Metabolic and Cardiovascular Health. Edward S Chambers, Tom Preston, Gary Frost, Douglas J Morrison

4- The gut microbiota in obesity and weight management: microbes as friends or foe? Matthias Van Hul, Patrice D Cani

5- The Gut Microbiome and Mental Health: Implications for Anxiety- and Trauma-Related Disorders. Stefanie Malan-Muller, Mireia Valles-Colomer, Jeroen Raes, Christopher A Lowry, Soraya Seedat, Sian M J Hemmings

6- The Microbiota-Gut-Brain Axis in Psychiatric Disorders. Aleksandra Góralczyk-Bińkowska, Dagmara Szmajda-Krygier, Elżbieta Kozłowska.

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