La santé intestinale et le microbiote

Comment fonctionne le système digestif humain ?

Rédigé par Experts COPMED
27/11/2025

Ballonnements, ventre gonflé, lourdeurs après un repas, transit irrégulier… Notre système digestif influence directement notre confort au quotidien. Quand il fonctionne parfaitement, tout est invisible : l’organisme transforme, absorbe et élimine les aliments sans que nous y prêtions attention. Mais au moindre déséquilibre, les inconforts digestifs apparaissent !

Comprendre comment fonctionne l’appareil digestif humain permet de mieux cibler l’origine de ses troubles afin d’adopter les bons réflexes et, si besoin, mettre en place une supplémentation adaptée pour favoriser un confort digestif optimal.

SOMMAIRE :

  1. L'appareil digestif humain, c'est quoi au juste ?
  2. Les grandes étapes de la digestion 
  3. Troubles digestifs : quand la digestion perd en confort
  4. Prendre soin de son système digestif

L’APPAREIL DIGESTIF HUMAIN, C’EST QUOI AU JUSTE ?

Le système digestif humain est un écosystème complexe d’organes dont le rôle est double : transformer les aliments en nutriments assimilables par l’organisme et éliminer les déchets. Dans sa totalité, il mesure entre 7 et 9 mètres.

Son fonctionnement repose sur quatre grandes fonctions essentielles :

  • Ingérer : faire entrer les aliments dans le corps.
  • Digérer : fragmenter et transformer les aliments grâce à l’action mécanique et chimique.
  • Absorber : transférer les nutriments dans le sang pour nourrir l’organisme.
  • Éliminer : expulser les déchets sous forme de selles.

Le tube digestif comprend la bouche, le pharynx, l’œsophage, l’estomac, l’intestin grêle, le côlon, le rectum et l’anus. À ce système s’ajoutent des glandes indispensables comme le foie, le pancréas et la vésicule biliaire, qui produisent, entre autres, les enzymes digestives.

À RETENIR :

✅ Le système digestif humain repose sur une chaîne d’organes complémentaires, allant de la bouche à l’anus.

✅La digestion dure en moyenne 24 à 72 heures, selon les aliments ingérés, le microbiote et l’hygiène de vie.

✅Les troubles digestifs sont fréquents et variés : ballonnements, gaz, brûlures, diarrhée ou constipation.

✅Une approche globale alliant alimentation, mastication, sommeil, activité physique, et gestion du stress, est essentielle pour soutenir le confort digestif.

Bouche :
La digestion commence dès la bouche. La mastication broie les aliments et les mélange à la salive, qui contient l’amylase salivaire, une enzyme digestive qui commence à dégrader les glucides. Une mastication insuffisante peut ralentir le reste du processus digestif.

Pharynx et œsophage :
Après la bouche, le bol alimentaire traverse le pharynx puis l’œsophage, un conduit d’environ 25 cm. Les mouvements ondulatoires des muscles, appelés péristaltisme, propulsent les aliments vers l’estomac.

schéma du corps humain

Estomac :
Situé dans la partie supérieure gauche de l’abdomen, sous les côtes, l’estomac peut contenir de 1 à 1,5 litre de nourriture. Il mélange les aliments et les expose aux sucs gastriques riches en acide chlorhydrique et en pepsine, l’enzyme digestive des protéines. L’absorption majeure se fait cependant dans l’intestin grêle.

Foie :
Le foie, plus gros organe interne, environ 1,4 à 1,6 kg, produit la bile, essentielle pour digérer les graisses et soutenir le métabolisme des nutriments.

Vésicule biliaire :
La vésicule biliaire stocke la bile produite par le foie et la libère dans l’intestin grêle au moment des repas pour faciliter la digestion des lipides.

Pancréas :
Le pancréas produit les principales enzymes digestives qui décomposent graisses, glucides et protéines dans l’intestin grêle. Il régule également le taux de sucre sanguin en sécrétant de l’insuline.

Intestin grêle :
Long de 5 à 7 mètres, l’intestin grêle est le principal organe d’absorption. Ses villosités augmentent la surface à plus de 200 m², permettant de récupérer près de 90 % des nutriments contenus dans les aliments.

Côlon :
Le côlon, couramment appelé « gros intestin », réabsorbe l’eau et forme les selles. Il abrite un microbiote riche, qui participe à la fermentation des fibres, protège l’immunité et maintient le confort digestif.

Rectum et anus :
Le rectum stocke les déchets avant leur expulsion par l’anus, complétant ainsi le cycle digestif. 

LES GRANDES ÉTAPES DE LA DIGESTION

La digestion est un processus complexe qui transforme les aliments en nutriments assimilables et permet l’élimination des déchets. Ce parcours dure en général de 24 à 72 heures pour un adulte en bonne santé.

1️⃣L’ingestion : La digestion commence dans la bouche, où les aliments sont pris, mastiqués et mélangés à la salive. La salive contient l’amylase salivaire, une enzyme digestive qui commence à dégrader les glucides. Ainsi, la mastication prépare le bol alimentaire pour la suite du processus et facilite le transit.

2️⃣ Le passage œsophagien : Le péristaltisme, les contractions musculaires de l’appareil digestif, permet au bol alimentaire de descendre vers l’estomac par l’œsophage.

3️⃣ La digestion gastrique : L’environnement acide de l’estomac, couplé à la présence d’enzymes, dégradent les protéines pour les rendre assimilables. Le bol alimentaire est ainsi transformé en une sorte de bouillie appelée « chyme ».

4️⃣ La digestion intestinale : Dans l’intestin grêle, le chyme est décomposé par les sucs pancréatiques, la bile et les sucs intestinaux.

5️⃣ L’absorption : Les villosités intestinales permettent le passage des nutriments dans le sang et la lymphe. L’eau, les vitamines et mêmes les minéraux sont également absorbés, assurant l’alimentation et le fonctionnement de tout l’organisme.

6️⃣ L’élimination : Les résidus non digérés passent dans le côlon, où l’eau est réabsorbée et les fibres sont fermentées par le microbiote. À ce stade, les selles se forment et sont stockées dans le rectum avant l’expulsion par l’anus. La vitesse de cette étape dépend de nombreux facteurs : hydratation, stress, activité physique, alimentation.

Un transit lent prolonge le séjour des déchets dans le côlon, favorisant la constipation. À l’inverse, un transit rapide raccourcit cette période et peut entraîner des selles liquides ou peu formées.

Le rôle essentiel des enzymes digestives :

Les enzymes digestives sont au cœur du processus digestif. Sans elles, le corps serait incapable de transformer les aliments en nutriments utilisables. Leur mission : découper les graisses, les protéines et les glucides en molécules suffisamment petites pour passer dans le sang et nourrir nos cellules.

Elles interviennent à chaque étape de la digestion, chacune avec un rôle précis, comme une équipe parfaitement coordonnée.

Lieu d'actionEnzymeRôle
La saliveL'amylase salivaireCommence à dégrader les glucides dès la mastication.
L'estomacLa pepsineFragmente les protéines en morceaux plus courts.
Le pancréas
  • La lipase
  • L'amylase pancréatique
  • Les protéases
  • Digère les graisses.
  • Poursuit la digestion des glucides.
  • Dégrade les protéines plus en profondeur.
L'intestin grêle
  • Les disaccharides (sucrase, lactase, maltase)
  • Les peptidases
  • Digèrent les sucres en fonction de leur nature.
  • Terminent la transformation des protéines en acides aminés.

Chaque enzyme agit à un moment précis, sur un nutriment particulier, dans un environnement spécifique. Ce travail d’équipe parfaitement synchronisé assure une digestion efficace, une absorption optimale et un confort digestif global.

Quand une seule enzyme manque, par exemple la lactase dans le cadre d’une intolérance au lactose, c’est tout l’équilibre digestif qui peut être perturbé.

 Stop aux idées reçues sur la digestion :

  • « L’estomac fait toute la digestion. »

❌ Faux. L’estomac prépare le travail, mais l’intestin grêle réalise 90 % de la digestion et de l’absorption.

  • « Les fibres irritent l’intestin. »

❌ Faux pour la majorité des individus. Elles nourrissent le microbiote et améliorent le transit. Elles peuvent poser problème uniquement en cas de troubles digestifs spécifiques (syndrome de l’intestin irritable, inflammation…).

  • « Boire pendant le repas dilue les sucs gastriques. »

❌ Faux. De petites quantités d'eau n'annulent pas l'action des enzymes. L’estomac adapte l’acidité pour que la digestion reste efficace.

  • « Un verre d’alcool en fin de repas, appelé digestif, aide à digérer. »

❌ Faux. En réalité, il ralentit la digestion en décontractant le muscle gastrique, allongeant la durée de séjour du bol alimentaire.

TROUBLES DIGESTIFS : QUAND LA DIGESTION PERD EN CONFORT

Les troubles digestifs sont très courants et traduisent une digestion difficile. Cela signifie qu’au moins l’une des étapes du processus digestif fonctionne moins efficacement. Ils peuvent ainsi toucher tout le tube digestif, de la bouche jusqu’au côlon.

Au quotidien, les inconforts digestifs peuvent affecter significativement le confort de vie des personnes concernées.

  • Ballonnements : l’accumulation de gaz provoque une sensation de ventre gonflé, parfois accompagnée de gargouillements et de flatulences. Ils résultent souvent d’une fermentation accrue dans le côlon ou d’une absorption incomplète de certains sucres[1].​
  • Douleurs ou crampes abdominales : localisées ou diffuses, souvent réveillées ou aggravées après les repas. Ces douleurs peuvent traduire aussi bien un spasme qu’une inflammation chronique de l’intestin ou une obstruction légère[2].​
  • Brûlures d’estomac et reflux : sensation de brûlure ascendante depuis l’estomac vers la gorge, parfois accompagnée de renvois acides, de toux ou d’irritations. Ces désagréments sont majorés par certains aliments acides, gras ou les excès alimentaires.​
  • Nausées, perte d’appétit, éructations et hoquet : associés ou isolés, ils signalent souvent une vidange gastrique ralentie ou une hypersensibilité digestive.​
  • Trouble du transit : constipation (selles dures, espacées, efforts expulsifs) ou diarrhée (nombreuses selles molles à liquides), parfois alternance des deux, notamment dans le syndrome de l’intestin irritable.
  • Modification de l’appétit, fatigue : la malabsorption chronique peut induire une perte de poids, une sensation générale de faiblesse et, chez certains, des maux de tête ou une douleur thoracique atypique[3].​

Ces manifestations traduisent souvent un déséquilibre de l’appareil digestif. Parmi les causes fréquentes, deux mécanismes jouent un rôle majeur : l’hyperperméabilité intestinale et la sensibilité aux FODMAPs.

Aussi appelée leaky gut, l’hyperperméabilité intestinale correspond à une altération de la barrière intestinale. Normalement, cette muqueuse forme un filtre très sélectif : elle laisse passer les nutriments essentiels tout en bloquant les agents indésirables.

Lorsqu’elle devient trop poreuse, des fragments alimentaires, des toxines ou encore des bactéries peuvent traverser la barrière et passer dans le sang. Ce phénomène peut être à l’origine de nombreux désagréments :

  • troubles digestifs persistants,
  • inflammation chronique,
  • fatigue générale, brouillard mental,
  • hypersensibilités alimentaires.

Restaurer l’intégrité de la barrière intestinale fait partie des stratégies majeures pour retrouver un bon confort digestif. 

troubles digestifs

Les FODMAPs sont des glucides fermentescibles présents dans de nombreux aliments du quotidien (fruits, légumes, légumineuses, céréales, produits laitiers…). Chez certaines personnes, ils sont mal absorbés dans l’intestin grêle et fermentent dans le côlon, provoquant divers désagréments :

  • gaz,
  • ballonnements importants,
  • douleurs abdominales,
  • irrégularités du transit.

Les régimes pauvres en FODMAP, lorsqu’ils sont bien encadrés, peuvent aider à identifier les aliments déclencheurs et améliorer le confort du tube digestif.

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PRENDRE SOIN DE SON SYSTÈME DIGESTIF

Préserver un système digestif en bonne santé repose sur une approche holistique qui soutient l’ensemble de l’appareil digestif ainsi que l’équilibre du microbiote. Une hygiène de vie cohérente permet de réduire les épisodes de digestion difficile, de limiter les inconforts et d’améliorer durablement le bien-être intestinal.

Parmi les piliers essentiels :

  • Alimentation et mastication : adopter une alimentation variée, riche en aliments peu transformés, et prendre le temps de bien mâcher favorise un travail digestif fluide et limite les ballonnements.
  • Hydratation : boire suffisamment aide à maintenir un transit régulier et une bonne consistance des selles.
  • Activité physique : une pratique quotidienne, même légère, stimule la motilité intestinale, réduit le stress et diminue les sensations de lourdeur après les repas.
  • Gestion du stress et sommeil : intimement connecté au système nerveux, le tube digestif réagit fortement au stress et au manque de sommeil. Un équilibre émotionnel et un repos suffisant soutiennent directement la digestion.
  • Microbiote intestinal : un microbiote diversifié soutient la digestion, l’immunité, la production de vitamines et la protection de la muqueuse.

Pour maintenir cet équilibre et favoriser un confort digestif optimal, des solutions naturelles peuvent compléter l’hygiène de vie. La gamme PERMEA REGUL® des Laboratoires COPMED  a été spécialement développée pour soutenir la barrière intestinale et contribuer efficacement au bien-être digestif grâce à des actifs naturels ciblés.

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Notre équipe de rédacteurs est composée de docteurs en médecine, biochimistes, naturopathes et d’experts en nutrition, micronutrition et diététique. 

Sources : 

[1] Haderstorfer B, Psycholgin D, Whitehead WE, Schuster MM. Intestinal gas production from bacterial fermentation of undigested carbohydrate in irritable bowel syndrome. Am J Gastroenterol. 1989 Apr;84(4):375-8. PMID: 2929557.

[2] Makharia GK. Understanding and treating abdominal pain and spasms in organic gastrointestinal diseases: inflammatory bowel disease and biliary diseases. J Clin Gastroenterol. 2011 Aug;45 Suppl:S89-93. doi: 10.1097/MCG.0b013e31821fbd82. PMID: 21666426.

[3] Thapa P, De Jesus O. Malabsorption Syndromes. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2025.