La santé intestinale et le microbiote

Le microbiote des enfants, de la naissance à la puberté

Rédigé par Experts COPMED
09/06/2026
u n e q u e s t i o n ? U n c o n s e i l Un conseil, une question ?
Contactez-nous
Nos conseillères à votre écoute

Du lundi au jeudi
8h30 à 12h30 & 13h30 à 17h30
Le vendredi
8h30 à 12h30 & 13h30 à 16h30

N° vert international. Service et appel gratuits.

Ou contactez-nous directement par notre formulaire en ligne.

Formulaire en ligne

Dès la naissance, le microbiote intestinal participe au bon fonctionnement du système immunitaire et digestif de chaque enfant. En tant que parent, soutenir cet écosystème dès les premières années peut contribuer au développement d’une santé solide et à prévenir les déséquilibres qui peuvent affecter son bien-être.

QU'EST-CE QUE LE MICROBIOTE DE L'ENFANT ?

Le microbiote intestinal d'un enfant correspond à l'ensemble des micro-organismes vivant dans son tube digestif dont les bactéries, les champignons, les virus et autres microbes. Ces micro-organismes interagissent en permanence avec l'organisme afin de participer à la maturation du système immunitaire, à l’absorption des nutriments et à la protection contre les infections.

Le microbiote, aussi appelé « flore intestinale »,  commence à se former dès les premières heures de vie, influencé par le mode de naissance. En effet, par voie basse, l’enfant acquiert les bactéries vaginales et intestinales de la mère, tandis que par césarienne, il est principalement exposé aux micro-organismes présents sur la peau.

Les premiers contacts avec l'environnement comme le peau-à-peau avec les parents et le contact avec les autres membres de la famille contribuent également à la colonisation bactérienne. Par ailleurs, l'allaitement maternel apporte des prébiotiques naturels qui soutiennent le développement de bactéries bénéfiques comme les bifidobactéries dans le microbiote de l'enfant. Le lait infantile, quant à lui, contribue différemment à la composition du microbiote, apportant d'autres types de micro-organismes et de nutriments nécessaires au bon développement de l'enfant.

Le microbiote évolue au fur et à mesure que l'enfant grandit, tout particulièrement lors de la diversification alimentaire qui apporte de nouvelles sources de bactéries et de fibres alimentaires pour nourrir ces micro-organismes.

À RETENIR :

✅Dès la naissance, le microbiote intestinal participe au développement du système digestif et immunitaire des enfants.

✅Le microbiote se construit progressivement et est influencé par divers facteurs comme le mode de naissance, l’environnement, l'alimentation et l’hygiène de vie.

✅Le stress, les polluants environnementaux et les antibiotiques peuvent nuire à l'équilibre du microbiote et entraîner une dysbiose.

✅Les probiotiques aident à refaire la flore intestinale de l'enfant en soutenant la diversité microbienne.

✅Des souches probiotiques spécifiques, comme Lactobacillus rhamnosus GG, Lactobacillus reuteri, Bifidobacterium lactis et Saccharomyces boulardii, peuvent aider à restaurer la flore intestinale et à renforcer l’immunité.

✅Des habitudes de vie saines, incluant une alimentation riche en fibres, de l’exercice physique, un bon sommeil et la gestion du stress, contribuent à maintenir un microbiote équilibré.

Prendre soin du microbiote de son enfant l’aide à bien grandir. L'apport de probiotiques peut aider à soutenir un microbiote sain, notamment chez les enfants ayant des troubles digestifs ou après une prise d’antibiotiques.

LES FACTEURS QUI INFLUENCENT LE MICROBIOTE DE L'ENFANT

Le microbiote intestinal est un écosystème qui évolue sans cesse. Chaque jour, ce que nous mangeons, l'environnement dans lequel nous vivons et bien d'autres aspects de notre quotidien influencent son équilibre. Mieux comprendre ces facteurs peut vraiment vous aider, en tant que parents, à soutenir la croissance d'un microbiote sain chez votre bébé ou votre enfant, favorisant ainsi son bien-être et sa santé.

1️⃣L’alimentation : l’alimentation exerce une influence directe sur la composition du microbiote des enfants. Dès l'introduction des premiers aliments solides, les fibres présentes dans les fruits, légumes, légumineuses et céréales complètes nourrissent les bonnes bactéries du microbiote. Ces fibres fermentescibles, que l’on appelle également prébiotiques, sont digérées par les bactéries intestinales qui produisent alors des acides gras à chaîne courte (comme le butyrate). Ces acides gras sont bénéfiques car ils contribuent à renforcer la barrière intestinale limitant ainsi le passage de substances potentiellement nocives dans le sang et réduisant l'inflammation. En parallèle, une alimentation riche en nutriments permet d'assurer la diversité microbienne nécessaire pour une bonne santé intestinale et générale. À l’inverse, une alimentation trop riche en sucres raffinés, en graisses saturées ou en produits transformés peut appauvrir le microbiote diminuant ainsi la diversité des micro-organismes bénéfiques.

2️⃣Le stress : le stress, notamment lorsqu'il est chronique ou vécu dans les premières années de vie, peut affecter le microbiote intestinal. Les hormones du stress, comme le cortisol, modifient l'environnement intestinal en altérant la perméabilité de la barrière intestinale. Ce phénomène peut faciliter le passage de substances nocives dans le sang créant un état d'inflammation. En réponse, l’équilibre microbien se modifie, favorisant des espèces de bactéries potentiellement moins bénéfiques. Cela peut entraîner une hypersensibilité digestive, des inflammations et une augmentation des infections gastro-intestinales.

3️⃣L’environnement : les enfants sont également sensibles aux polluants présents dans leur environnement immédiat. L’exposition à des produits chimiques, aux pesticides ou à une forte pollution atmosphérique affecte directement la composition du microbiote. Par exemple, les enfants vivant en zones urbaines polluées présentent souvent une flore intestinale moins diversifiée que ceux vivant dans des zones rurales[1]. La faible diversité microbienne associée à ces polluants peut affaiblir les défenses immunitaires et rendre l’organisme plus vulnérable aux maladies ou aux allergies.

4️⃣Les antibiotiques : l'utilisation d'antibiotiques pendant l'enfance, qui peuvent s’avérer incontournables dans le traitement de certaines maladies et infections, peut altérer le microbiote. En effet, les antibiotiques tuent non seulement les bactéries pathogènes mais également les bactéries bénéfiques ce qui peut entraîner des déséquilibres. Certains enfants peuvent être concernés par des troubles digestifs, tels que diarrhées ou infections récurrentes, après une cure d'antibiotiques.

5️⃣Les changements au cours des périodes de vie : le microbiote évolue de manière naturelle au fil des années. Dès la naissance, il est influencé par le mode d'accouchement, puis par les choix d'alimentation. Durant la puberté, les fluctuations hormonales ont un effet direct sur la composition du microbiote. Les besoins nutritionnels évoluent, avec des régimes alimentaires qui changent souvent. Les perturbations hormonales à l'adolescence peuvent également favoriser le développement de certains déséquilibres, comme l'acné, souvent lié à des changements dans le microbiote cutané.

LES CONSÉQUENCES DE LA DYSBIOSE

La dysbiose, ou déséquilibre du microbiote intestinal, se manifeste lorsque la diversité et la composition des micro-organismes intestinaux sont altérées. Cette condition peut être provoquée par plusieurs facteurs comme une alimentation déséquilibrée, la prise d'antibiotiques, une mauvaise hygiène de vie ou un stress important. Lorsque l’équilibre de la flore intestinale est rompu, la dysbiose peut fragiliser la barrière intestinale et avoir un impact important sur la santé de l’enfant allant de troubles digestifs à une baisse des défenses immunitaires.

En effet, parmi les désagréments les plus courants, on retrouve :

  • Les troubles digestifs : les déséquilibres peuvent causer des ballonnements, des douleurs abdominales, des diarrhées ou des constipations chroniques.[2]
  • Les allergies : un microbiote déséquilibré pourrait contribuer à un système immunitaire plus réactif, augmentant le risque de développer des allergies alimentaires ou environnementales.[3]
  • Les maladies inflammatoires : la dysbiose intestinale est souvent présente chez les enfants atteints de troubles de l'intestin augmentant l'inflammation et la perméabilité intestinale.[4]
probiotiques

LES BIENFAITS DES PROBIOTIQUES POUR LES ENFANTS

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, principalement des bactéries et des levures, qui favorisent l'équilibre de la flore intestinale et apportent des bienfaits pour la santé. Ils soutiennent la croissance des bactéries bénéfiques dans l’intestin et participent à maintenir un microbiote diversifié et en bonne santé.

Une cure de probiotiques pour enfants peut être particulièrement utile lors d'un changement de saison, à l'arrivée des virus de l'hiver, après un traitement antibiotique ou en période de stress. En aidant à restaurer la flore intestinale, les probiotiques contribuent au bon développement du système immunitaire des enfants et permettent de prévenir les désagréments liés à la dysbiose.

Toutefois, tous les probiotiques ne sont pas identiques, et certaines souches sont plus appropriées pour les besoins des enfants :

  • Lactobacillus rhamnosus GG est réputée pour réduire les diarrhées lors de gastro-entérites et diminuer les risques d’allergies alimentaires[5].
  • Lactobacillus reuteri soutient la santé digestive en favorisant un environnement propice aux bonnes bactéries et contribue au confort intestinal[6].
  • Bifidobacterium lactis est souvent utilisée pour renforcer l’immunité et le confort digestif tout en maintenant l’intégrité de la barrière intestinale[7].
  • Saccharomyces boulardii est efficace pour limiter les déséquilibres intestinaux et les diarrhées associées aux traitements antibiotiques[8].

Pour bénéficier pleinement des effets des probiotiques, une cure de 1 à 3 mois est généralement recommandée en fonction des besoins spécifiques de chaque enfant. Les probiotiques sont disponibles sous différentes formes adaptées telles que des solutions buvables avec pipette doseuse facilitant ainsi leur prise.

Les probiotiques sont mieux absorbés lorsqu'ils sont pris environ trente minutes avant le repas. À ce moment, l’acidité de l’estomac est plus faible, ce qui permet aux probiotiques de traverser le tube digestif plus facilement et d’atteindre l’intestin en bonne quantité.

Il est aussi recommandé de les prendre à distance de tout traitement antibiotique, idéalement plusieurs heures avant ou après la prise. Les antibiotiques peuvent affecter les bactéries vivantes dans les probiotiques, réduisant ainsi leur efficacité en tuant une partie des bonnes bactéries avant qu’elles n’aient la possibilité de coloniser l’intestin. Prendre les probiotiques à un autre moment permet donc de maximiser leur efficacité et leur contribution à l’équilibre du microbiote intestinal.

LES BONNES PRATIQUES POUR SOUTENIR SON MICROBIOTE

Le microbiote intestinal de l’enfant se construit et se diversifie progressivement au fil des années, influencé par de nombreux facteurs liés à l’alimentation, l’activité physique, le sommeil et la gestion du stress. Soutenir cet équilibre microbien dès le plus jeune âge peut avoir un impact positif non seulement sur la santé digestive, mais aussi sur le bien-être général de l’enfant. En adoptant de bonnes habitudes, il est possible de renforcer les bactéries bénéfiques présentes dans l’intestin de l’enfant, contribuer à son confort digestif et soutenir son système immunitaire.

microbiote

1️⃣Favoriser une alimentation riche en fibres : les fibres sont des nutriments importants pour la santé du microbiote car elles servent de nourriture aux bonnes bactéries présentes dans l’intestin. Intégrer au quotidien des légumes, fruits, légumineuses et céréales complètes aide à nourrir le microbiote et à favoriser un équilibre intestinal optimal. Ces fibres fermentescibles permettent également la production d’acides gras à chaîne courte, bénéfiques pour la barrière intestinale.

2️⃣Encourager l’activité physique : l'exercice régulier contribue à la diversité du microbiote et améliore la santé digestive globale. Chez les enfants, le sport et les jeux actifs favorisent la motilité intestinale ce qui aide à prévenir la constipation et maintient l’équilibre bactérien.

3️⃣Assurer un sommeil de qualité et gérer le stress : le stress peut perturber l'équilibre du microbiote et affaiblir le système immunitaire. Un sommeil suffisant et des activités relaxantes, comme la méditation, le yoga ou simplement des moments de jeu en plein air, aident à maintenir un équilibre émotionnel et digestif. Des routines de sommeil régulières et un environnement calme avant le coucher sont également recommandés pour favoriser un sommeil réparateur et soutiennent indirectement le microbiote intestinal.

Notre équipe de rédacteurs est composée de docteurs en médecine, biochimistes, naturopathes et d’experts en nutrition, micronutrition et diététique. 

Sources : 

1- Rural environment reduces allergic inflammation by modulating the gut microbiota. Zhaowei Yang, Zhong Chen 2, Xinliu Lin, Siyang Yao, Mo Xian, Xiaoping Ning, Wanyi Fu, Mei Jiang, Naijian Li, Xiaojun Xiao, Mulin Feng, Zexuan Lian, Wenqing Yang, Xia Ren, Zhenyu Zheng, Jiefeng Zhao, Nili Wei, Wenju Lu, Marjut Roponen, Bianca Schaub, Gary W K Wong, Zhong Su, Charles Wang, Jing Li.

2 - Banaszak M, Górna I, Woźniak D, Przysławski J, Drzymała-Czyż S. Association between Gut Dysbiosis and the Occurrence of SIBO, LIBO, SIFO and IMO. Microorganisms. 2023 Feb 24;11(3):573. doi: 10.3390/microorganisms11030573. PMID: 36985147; PMCID: PMC10052891.

3 - Pantazi AC, Mihai CM, Balasa AL, Chisnoiu T, Lupu A, Frecus CE, Mihai L, Ungureanu A, Kassim MAK, Andrusca A, Nicolae M, Cuzic V, Lupu VV, Cambrea SC. Relationship between Gut Microbiota and Allergies in Children: A Literature Review. Nutrients. 2023 May 29;15(11):2529. doi: 10.3390/nu15112529. PMID: 37299492; PMCID: PMC10255222.

4 - Macura B, Kiecka A, Szczepanik M. Intestinal permeability disturbances: causes, diseases and therapy. Clin Exp Med. 2024 Sep 28;24(1):232. doi: 10.1007/s10238-024-01496-9. PMID: 39340718; PMCID: PMC11438725

5- Approach to probiotics in pediatrics: the role of Lactobacillus rhamnosus GG. Christian Boggio Marzet, Fernando Burgos, Mónica Del Compare, Ingrid Gerold, Omar Tabacco, Gabriel Vinderola.

6- Lactobacillus reuteri in digestive system diseases: focus on clinical trials and mechanisms Yijing Peng, Yizhe Ma, Zichen Luo, Yifan Jian, Zhimin Xu, Renqiang Yu.

7- Bifidobacterium animalis subsp. lactis HN019 Effects on Gut Health: A Review Jing Cheng, Arja Laitila, Arthur C Ouwehand

8- Systematic review with meta-analysis: Saccharomyces boulardii in the prevention of antibiotic-associated diarrhoea H Szajewska, M Kołodziej

Autres dossiers qui peuvent vous intéresser

Alimentation et microbiote : 10 aliments bénéfiques à la flore intestinale

La santé intestinale et le microbiote

Alimentation et microbiote : 10 aliments bénéfiques à la flore intestinale

La dysbiose intestinale : l’histoire d’un microbiote perturbé

La santé intestinale et le microbiote

La dysbiose intestinale : l’histoire d’un microbiote perturbé

Installez la fibre dans vos intestins !

La nutrition et votre santé La santé intestinale et le microbiote

Installez la fibre dans vos intestins !

Fibregum™, une solution naturelle qui renforce la barrière intestinale au niveau cellulaire

La santé intestinale et le microbiote

Fibregum™, une solution naturelle qui renforce la barrière intestinale au niveau cellulaire